Natychmiast po śmierci Stalina Prezydium KC KPZR, Sekretariat KC i Rada Ministrów ZSRR zostały znacznie zredukowane. Anastas Mikojan odzyskał silną pozycję w najwyższych ogniwach radzieckiego kierownictwa partyjnego i państwowego. W tamtych czasach w oficjalnych komunikatach wymieniano członków kierownictwa nie alfabetycznie, lecz według miejsca zajmowanego w hierarchii partyjnej. Chruszczów znajdował się na piątym miejscu po Malenkowie, Mołotowie, Berii i Kaganowiczu. Mikojan zajmował na tych listach ósme miejsce po Woroszyłowie i Bułganinie.

W rozgorzałej zaraz po śmierci Stalina walce o władzę Mikojan stał na uboczu. Przygotowując aresztowanie Berii Chruszczów wtajemniczył go w swój plan w ostatniej chwili, tuż przed posiedzeniem Prezydium KC. Mikojan zajął ostrożne stanowisko i nie spieszył się z przyłączeniem do spisku. Chruszczów wspominał później:

„Mikojan słuchał, replikował, potem jednak oświadczył, że Beria nie jest człowiekiem straconym i że może pracować w kolektywie.” Stanowisko Mikojana bardzo zaniepokoiło Chruszczowa, który podzielił się swoimi obawami z Malenkowem. Odwrotu jednak nie było i rozpoczęły się obrady Prezydium Komitetu Centralnego. Pierwszy zabrał głos Chruszczów, uzasadniając szczegółowo konieczność usunięcia Berii i wyrażenia mu wotum politycznej nieufności. Po Chruszczowie przemawiał Bułganin, domagając się usunięcia Berii z kierownictwa. Wszyscy pozostali uczestnicy posiedzenia również poparli Chruszczowa. Wypowiedź Mikojana była odmienna. Zgodził się z wieloma oskarżeniami w stosunku do Berii, lecz dodał zarazem, że Beria „weźmie tę krytykę pod uwagę, że Beria nie jest człowiekiem straconym, że w kolektywie Beria może pracować i że może być pożyteczny”.